ELABORAZIONE AUTOMATICA DI INFORMAZIONI DA BANCHE DATI E ANALISI STATISTICA IN PYTHON

by Dr Antonio Deiana (Former postdoc Dipartimento di Fisica- Sapienza Università di Roma)

Friday 3 Jun 2016, 14:00 → 16:00 Europe/Rome

Aula Rasetti (Dipartimento di Fisica - Ed. G. Marconi)

Il download e l'elaborazione automatica di informazioni dalle banche dati bioinformatiche (PDB, Swissprot, Disprot ...) sono compiti fondamentali nella bioinformatica. Un formato standard per il deposito di informazioni strutturate nelle banche dati è il formato XML (Extended Markup Language), ormai quasi universalmente diffuso anche nella banche dati del mondo della bioinformatica. In questo seminario verranno esaminate le strutture dei file HTML e XML. Adottando un approccio di programmazione orientato agli oggetti verrà mostrato come effettuare il download automatico di informazioni dalle banche dati e come elaborare i formati di file più diffusi, come il formato fasta, HTML e XML, utilizzando il linguaggio di programmazione Python. Nello stesso tempo verranno spiegati alcuni concetti avanzati della programmazione orientata agli oggetto: il polimorfismo e la tecnica reflection. Un esempio di elaborazione di dati statistici e plotting in Python verrà infine discussa. Secondo seminario di una serie di due, indirizzati a studenti del corso magistrale con interessi bioinformatici e di biofisica computazionale.